软件
Krait2
界面友好的微卫星比较分析工具
Krait2是一款用户友好型图形工具,用于从 FASTA 和 FASTQ 格式的基因组数据中搜索完美、不完美和复合型微卫星。Krait2 不仅提供引物设计、重复序列过滤、重复序列注释和统计分析等功能,还提供多种输出格式以支持下游分析。此外,它还能同时分析多个基因组并进行比较分析
软件
Dockey
界面友好的分子对接工具
Dockey是一个界面友好、跨平台、自动化的分子对接工具,整合了多个外部工具简化了分子数据清洗、受体与配体准备、批量对接、受体-配体相互作用分析、对接构象3D结构可视化等
软件
Pyfastx
一个轻量级用于解析FASTA/Q文件的Python模块
Pyfastx是一个轻量级的Python C扩展模块,方便用户在Python环境下解析FASTA/Q文件。Pyfastx通过构建索引使其能从FASTA/Q文件中随机截取序列
数据库
PSMD
全物种微卫星数据库
PSMD (Pan-Species Microsatellite Database, 全物种微卫星数据库), PSMD包含从18,000多个物种基因组中鉴定的678,106,741个完美型微卫星和43,848,943个复合型微卫星,几乎涵盖了所有有基因组数据的物种
数据库
MACSNVdb
猕猴SNV变异数据库
MACSNVdb (Macaca SNV database),猕猴SNV变异数据库方便研究人员研究不同猕猴种间遗传差异。MACSNVdb目前包含74,506,801个来源于20个猕猴基因组的高质量非冗余SNV位点
软件
Krait
超快的全基因组微卫星搜索工具
Krait是一个功能强大、灵活的微卫星搜索软件,Krait能从全基因组DNA序列中搜索完美型、非完美型和复合型微卫星,同时能进行引物设计